葡萄酒中的醋酸菌主要来源于葡萄浆果和酿造设备，这些醋酸菌包括：醋酸杆菌属（Acetobacter）的醋化醋杆菌（A.actei）、液化醋杆菌（A.Liquefaciens），汉逊氏醋杆菌（A.hansenii）和巴氏醋杆菌（A.pasteurianus）以及葡萄糖杆菌属（GLuconobacter）的氧化葡萄糖杆菌（G.oxydans）等种的。
健康未被病害感染的葡萄浆果附着的醋酸菌的群体数量较少，大约为每克102个细胞，此时氧化葡萄糖杆菌为主体菌群。破损的、遭受病害尤其是灰霉病（Botrytis、cinerea）危害的葡萄浆果，醋酸菌的群体数量很大，约为每克106个细胞，此时醋化醋杆菌和巴氏醋杆菌为主体菌群。
在新鲜葡萄汁中，氧化葡萄糖杆菌占优势，而随着发酵的进行，醋酸杆菌尤其是液化醋杆菌和巴氏醋杆菌逐渐变为主导菌，这与它们优先利用的碳源有关。氧化葡萄糖杆菌优先利用糖作为碳源，而醋酸杆菌属优先利用酒精作为碳源，因而后者较前者耐酒精的能力高很多。