在葡萄酒生产中，醋酸菌遇到会产生协同作用，即造成的影响加强；醋酸菌遇酵母，会诱导酒精发酵迟缓；醋酸菌遇乳酸菌，会刺激乳酸菌生长。
对葡萄酒中的醋酸菌可以采取以下方法预防：葡萄必须选择健康的、未被病毒感染的浆果。酿造设备须洁净、卫生；严格控制发酵温度，较高不超过30℃。
贮藏温度10℃—20℃；陈酿期间应做到满桶贮存，按时添满不得留有空隙，密封容器口；葡萄酒酿造过程中添加适量的二氧化硫来抑制或杀死醋酸菌；陈酿环境要保持通风，墙壁、地面不得染霉，注意卫生及时熏硫，彻底消灭果蝇，创造一个良好的贮藏管理条件。
醋酸菌病害的方法：开始发现醋酸菌感染时，的方法是采取加热，加热温度为68℃—72℃，保持15分钟。杀过菌后立即放入已杀过菌的贮酒桶中，并调整SO2量为80mg/L—100mg/L贮存。如果没有设备，可以采取加醇提高酒度达到18%以上。
如果白葡萄酒和红葡萄酒的挥发酸含量分别高于0.88g/L（H2SO4）和0.98g/l（H2SO4），就没有任何方法可使葡萄酒重新改善其质量，不能将这样的葡萄酒与其他的葡萄酒混合。如果混合，就会使整个混合体变酸、变质，只能用于蒸馏酒精或酿醋。