相传当曹操写了：“慨当以康，忧思难忘；何以解忧，唯有杜康。”的名篇之后，“双套酒”酿造者的父辈们觉得自惭形秽，便逃出相府，流落隐居民间。三国两晋南北朝时期，北方连年战乱，酿酒工匠也都逃避战乱流亡南下。其中，有一位老者逃到了无锡。由于长期颠沛流离，身体虚弱，病死在玉祁。他的子孙继承了他的酿酒事业。
有一天傍晚，老者的长子在床上休息，屋外雷雨倾盆，老大恍惚中看见一条巨龙翻滚并吐出水柱。过了一会儿雨过天晴，只见门口两条河水清平似镜。这时远处有走来一名老人，老人便告诉老大：“此乃和尚圩。”老人又用拐杖向西一指：“那是章渎圩。”接着又告诉他，用这双圩之水两次套酿酒，必成佳品。后来老者的长子佐以大酵法工艺，复式发酵，遂酿出名酒——双套黄酒，一举成名。
玉祁双套的原汁原味，源自传统而独特的酿造工艺——野生酵母“大酵法”。这种“手工老法技艺”酿造很讲究，每道工序都精益求精。麦曲头道工艺不粉碎，米饭要酥而不烂，米浆水要采用上等精白糯米浸泡二十余天再煮沸撇沫提炼，制成培养基，再接入采集并经试验的野生酵母，从小陶土缸盆到中盆再到大盆，分级培养成“大酵头”，投入大缸发酵，生产工序要经过大小三十余道，发酵工序中必要的器皿是七石缸，在玉祁收藏着三只大龙凤缸，缸身上刻着龙凤图案，由于经常使用，缸身釉面还很光亮，据说是从清代流传至今的。