传统工艺生产小曲，向来采用自然培养法，因而小曲中含微生物种类较多、较杂，根据从广东各地生产的酒饼及饼种分离的初步结果来看，大多含有酵母、霉菌及等各几十种。小曲中的酵母有酵母菌属(Saccharomyces)，汉逊酵母属(Henseenu-la)，拟内孢霉属(Endomycopsis)，假丝酵母属(Condida-Barkhout），丝孢酵母属(Trichosporon)，及白地霉(Geo-trichumCandidum)等，既含有酒精发酵力强，生香效果好的菌种，但也有不少野生酵母。小曲中的霉菌既含有糖化能力强的根霉(Rhizopus)，也含有毛霉(Muccor)，米曲霉(Aspergil-lusoryzae)，黑曲霉(Aspergillususamii及Asp•niger)，红曲霉(Monascus)，犁头霉(Absidia)及青霉(penicil-lium)等。小曲中有醋酸菌及乳酸菌等。由于酿制小曲的原料配方与工艺的不同，小曲中的菌类也有所不同。
实践证明酿制小曲白酒所用小曲中有益的微生物，主要是根霉与酵母，因此有些酒厂选择糖化力强的根霉和发酵力强的酵母，进行纯粹培养生产小曲。例如湘山酒的生产，便是采用纯粹菌种限制小曲，不仅用曲量少，出酒率高，且成品酒的香味和风味均有明显的提高。目前不少酒厂正向着这方向进行技术改革。