在啤酒的日常生产中，发酵时被杂菌污染时有发生，这些有害微生物对啤酒的品质有很大的影响。按照对氧气的需求，常见的杂菌分为：好氧微生物、微好氧微生物、兼性好氧微生物、好氧微生物四大类群。具体主要种类有：
一、肠道：发酵车间经常可以检测到如欧式杆菌属、克式杆菌属、多变杆菌属等，它们存在于植物、土壤和水中。肠道在大麦中繁殖迅速，能产生烂白菜的气味，甚至有H2S的味道。在麦汁和发酵初期，也极易迅速繁殖，危害到啤酒的风味。但它在pH4.0以下，2.0%乙醇啤酒中不能繁殖。
二、变形肥大杆菌：污染后会使啤酒产生二甲硫味。它在pH低于3.9时不能生长，但耐6.0%乙醇。
三、乳酸菌：是啤酒工厂污染的主要，其中包含乳酸菌和足球菌两个属。它们广泛存在于发酵罐、管道、阀门、啤酒残液中。前者不耐酒花且在低温下生长缓慢，所以不污染啤酒发酵过程；后者会导致啤酒酸化，产生双乙酰味，同时会分泌荚膜多糖，使啤酒粘稠、浑浊。
四、醋酸菌：可以通过空气污染啤酒。污染后会使啤酒有明显的酸味且浑浊。对酒花不敏感，耐酸耐酒精强。
五、发酵单胞菌：在较广的pH范围内生长。污染后会使啤酒变味。对酒花不敏感，耐酸耐酒精强。
六、其他杂菌：如啤酒巨形球菌等都会给啤酒带来难闻的气味。
因此，在啤酒酿造过程中，啤酒种酵母的主导地位，以及尽可能加大对其他微生物的控制，是啤酒品质的关键。