贵祖酒的独特酿造工艺简称为“两小两大、双醅串香”，即采用小曲小窖制取酒醅，大曲大窖制取香醅，双醅串香得酒。这是白酒中较高超、较复杂的酿造技艺之一，其酒生产周期长，技术要求高，仅发酵期就长达十个月，不仅产量稀有，而且较难以模仿和复制，这也是为什么浓香、清香、酱香型白酒生产厂家成千上万，遍布我国，而董香型白酒只有一两家而且只产于贵州的重要的原因。
贵祖酒秉承至今的这一独特酿造秘技，以优质高粱为主要原料，取天然山泉为酿造用水，加入虫草、藏红花、鹿胶、龟胶、当归等138种名贵药草制成大曲、小曲。大曲大窖制取香醅，酒醅香醅串蒸，经量质摘酒，分级陈酿一年以上而成，