受粮食产量制约，我国自主开发了以甜高粱茎秆为原料生产燃料乙醇的技术（称为甜高粱乙醇），同时也在开展纤维素制取燃料乙醇的技术研究开发。近两年，我国和一些企业对生物柴油已越来越重视。但生物燃料化工产业还处于起步阶段，面临着许多困难和问题。
（一）我国生物燃料的原料资源明显不足，成本较高。
原料是燃料乙醇成本构成的主要因素，黑龙江、吉林、安徽玉米产区生产燃料乙醇的主要原料为玉米，河南地区生产燃料乙醇的主要原料则为小麦，以陈粮为主。广东广西等地规划的燃料乙醇项目，主要以甘蔗和木薯为原料。
我国粮食资源严重不足，目前以粮食为原料的生物燃料生产已不具备再扩大规模的资源条件；我国油脂资源贫乏，是世界较大的油脂净进口国，近年来植物油进口量维持在数百万吨左右，制约了我国生物柴油产业的发展；虽然我国有大量的盐碱地、荒地等劣质土地可种植甜高粱，有大量荒山、荒坡可以种植麻疯树和黄连木等油料植物，但缺乏对这些土地利用的合理评价和科学规划。
（二）我国发展生物燃料的政策和市场环境还不完善。
由于以粮食为原料的燃料乙醇发展潜力有限，为避免对粮食造成负面影响，国家对燃料乙醇的生产和销售采取了严格的管制，只有指定的四个定点企业可以从事燃料乙醇生产，享受财政补贴，并由中石油和中石化两个公司负责乙醇汽油的混配和销售。
近年来，虽有许多企业和个人试图生产或销售燃料乙醇，但受到现行政策的限制，不能普遍享受到财政补贴，产品也难以进入汽油的销售渠道。而生物柴油的生产，没有相关的国家标准，更没有正常的销售渠道。
（三）我国生物燃料技术产业化基础较为薄弱。
虽然我国已实现以粮食为原料的燃料乙醇的产业化生产，但以甜高粱为原料生产燃料乙醇尚处于技术试验阶段，要实现大规模生产，需要在生产工艺和产业组织等方面做大量工作；以油料植物为原料生产生物柴油的技术尚处于研究试验阶段，还需要经过工业性试验后才能开始大规模生产；对后备资源潜力大的纤维素生物质燃料乙醇和生物合成柴油技术处于研究阶段，离工业化生产还有较大差距。
（四）我国生物燃料产品市场竞争力不强。
由于受原料来源、生产技术和产业组织等多方面因素的影响，我国燃料乙醇生产成本比较高，以陈化粮为原料生产的燃料乙醇的成本约为每吨4500元左右，国家实行财政定额补贴（目前平均每吨燃料乙醇补助1370元，按现在石油价格作相应调整后，补贴额会有所降低）。
据专家估算，以甜高粱、木薯等为原料生产燃料乙醇，成本约为每吨4000元。按等效热值与汽油比较，汽油价格达到每升6元以上时，燃料乙醇才可能盈利。国家每年对102万吨燃料乙醇的财政补贴约为15亿元。
在目前的技术和市场条件下，扩大燃料乙醇产量需要大量的资金补贴；以甜高粱和麻疯树等非粮食作物为原料的燃料乙醇和生物柴油生产技术才刚刚开始工业化试点，产业化程度还很低，近期在成本方面的竞争力还比较弱。
参照目前已实行的陈化粮燃料乙醇的财政和税收优惠政策，对非粮食燃料乙醇、生物柴油的生产销售制定财政和税收优惠政策。特别是对生物柴油能采取与乙醇汽油相当的扶持政策，将大大促进生物柴油在我国的发展。
有关非粮食生物燃料的生产和销售管理办法、价格及财政税收政策由国家发展改革委会同有关部门制定。
还要加快制订生物柴油产品规格，规范生物柴油推向市场程序，用油质量。国外生物柴油的推广使用均有严格程序，要防止其溶解性能好引起的车辆、加油站橡塑部件的溶胀、油缸油污的溶落引起的滤网堵塞等问题。