当结构性或神经性破坏都不可见时，所有诊断系统都容许以功能性异常来评估因生前酒精暴露造成的中央神经系统受损。功能性损害有因生前酒精暴露导致可见或可量度的日常性缺失、问题、迟缓或异常等，一般称为发展障碍。但是并没有特定模式的共识，当中只有美国疾病控制与预防中心指引标示发展迟缓，所以评估标准亦有所不同。 （推荐阅读：胎儿酒精综合征可以吗，胎儿酒精综合征怎么）
以下是四个诊断系统所列出胎儿酒精综合症的功能性破坏： （推荐阅读：胎儿酒精综合征的脸部特征）
有证据显示在学习障碍、学业成就、冲动控制、社交认知、沟通、抽象化、数学技巧、记忆、注意力及判断力上有复杂的行为或认知模式，且与发展水平不符。
在执行功能、记忆、认知力、适应能力、学业成就、语言、动作技能、注意力及运动水平中的其中三个或以上的标准化测验中，达至两个或更多的标准差。
在认知、沟通、学业成就、记忆、执行功能、适应能力、社交技巧及社会交往中的其中三个或以上的标准化测验，达至两个或更多的标准差。