微生物因素——一般瓶装果酒很少被微生物污染，多见于桶装果酒被微生物侵入后生长繁殖而引起质量变化。如在酒的表面出现白色的薄膜，酒液浑浊或呈清水状并有令人厌恶的气味，这是酒花菌生和繁殖所致。又如在高温情况下，醋酸菌进入酒中产生了醋酸发酵。把酒精氧化成醋，使酒精表面带有一层薄膜、味酸而不能饮用。
化学因素——色泽败坏，果酒的酸质低，遇铁氧化变成黑色，滋味也随之败坏，色素和单宁在氧化酵素的作用下也会发生氧化变成褐色。另外，果酒在长期存放中间，由于酒液中所含的色素、蛋白质、单宁和矿物质等受到化学作用而引起沉淀，影响外观，但对酒的风味并无损害。