引起新酒混浊的主要因素是酵母和葡萄的碎片，可以通过静置、倒酒等方法去除。影响陈酒澄清的因素较多，包括陈酿过程中酒石酸盐沉淀、色素沉淀、金属破败、微生物混浊等，处理时通过预测混浊出现的可能性并采取适当的预防措施
酒石酸盐类混浊
引起葡萄酒浑浊的酒石酸盐主要有酒石酸氢钾和酒石酸钙，酒石酸氢钾的溶解度与温度变化密切相关，当温度下降时，其溶解度会大幅度的下降，出现过饱和析出沉淀，导致酒的混浊。通常在冬季装瓶可减少酒石酸氢钾引起的酒石混浊。而酒石酸钙的溶解性与温度的关系不大，对酒的冷稳定处理不能防止酒石酸钙沉淀，升温也不能保持酒的稳定。
金属破败病混浊
葡萄酒的金属破败病有两种：铁破败病和铜破败病。铁破败病是一种氧化性病害，葡萄酒中的铁，以Fe为主，Fe3+较少，酒中所含的Fe2+在转罐、装瓶、贮存等工艺操作过程中，与空气接触被氧化为Fe3+。红葡萄酒中酚类物质的含量很高，通常Fe3+会优先与酚类物质反应，形成不溶性的蓝色结合物（蓝色破败病）；在白葡萄酒中，Fe3+与磷酸盐结合形成不溶性的白色磷酸铁沉淀（白色破败病）。当葡萄酒中铁含量大于10mg/L时易发生铁破败病。铜破败病是一种还原性病害，葡萄酒中Cu2+在还原条件下与含硫化合物结合形成不溶性红棕色的硫化铜沉淀造成的。该病主要发生在瓶内，当酒中铜浓度超过1mg/L时，易发生铜破败病，特别是装瓶后暴露在阳光或储藏温度较高条件下更易发生，其症状是葡萄酒装瓶后出现浑浊并逐渐出现红棕色沉淀。
蛋白质类混浊
蛋白质混浊是造成白葡萄酒不稳定的主要因素。主要原因是由于葡萄原料、酵母以及发酵过程中添加的果胶酶等蛋白质类物质所引起，这些物质在短时间内以溶解的状态存在于酒液中，并逐渐与葡萄酒中的单宁等多酚类物质结合形成不溶性物质，从而终导致酒体的混浊。
微生物混浊
进口葡萄酒代理生产中的微生物污染会导致葡萄酒中微生物的大量繁殖，新酒中分布的酵母菌和醋酸菌等微生物也会引起葡萄酒混浊，造成酒的澄清度下降、酒体混浊失光，甚至发生葡萄酒生物病害的现象。
色素沉淀
红葡萄酒中含有丰富的色素物质，其主要成分是性质比较活泼的多酚类化合物，在葡萄酒中呈胶体状态，是葡萄酒的呈色物质，也是构成葡萄酒的重要功能成分。色素的溶解度与温度密切相关，溶解状态的色素随温度降低其溶解度逐渐下降并析出沉淀，使葡萄酒变混浊。在陈酿过程中，多酚类物质之间会不断以共价键发生聚合和缩合连接成更大分子，由可溶态变成了不溶态，在容器内壁上沉积，导致酒颜色改变或产生沉淀。