保健酒在净化后处理上，要比其它类的酒，要复杂，难度更大。当前只有冷冻法和超滤法较有效。
冷冻法是将酒液置于低温下，如-10℃存放48小时。酒液中大分子物质在低温下溶解度降低，相互之间絮凝，形成微粒，并在低温下，通过常规的过滤机，就可以将它们除去。冷冻后的酒质、货架期、保质期，不会再发生浑浊沉淀。
超滤法是在常温下，酒液通过膜，将大分子微粒等物质一次性切割分离出来，大分子除去率在以上。滤后的酒体清澈透明，有光泽，浊度为零。货架期、或保质期不会再发生浑浊沉淀。本超滤机是动态，错流膜过滤。进入超滤机的酒液瞬间形成涡流、对流，使酒液中各种物质得到混合。然后通过纳米级的微孔，强制分子间进行缔合，例如，乙醇分子和水分子缔合，还会使酒液中醇、酸生成酯等作用。因此，超滤出来的酒，口感柔和，味道纯正、无水味、无杂味。有效成份不会减少。酒的综合品质有很大的提高。
实践证明，采用本超滤过滤保健酒，酒质稳定，保质期长，口感柔和，适中，味道纯正，有效成份不减少。并且不产生酒脚，不污染环境，不需要冷冻，能耗低，操作简单，维修方便，具有、快速、省能、经济等特点，是当代较理想的过滤设备。