不管是采用传统的固态发酵法，还是采用生料酿酒的液态法，金门高粱酒在30-49度之间都会出现混浊现象。如随着高度酒的加水降度，出现白色混浊物，蒸馏时在酒尾上漂浮油珠并出现混浊；在冷天，放在室外降温后的瓶酒中会出现自色絮状沉淀物，当放回暖室后沉淀又榕解而变澄清。这些现象都是由于金门高粱酒中存在某些香气成分的物理变化，这些混浊物主要是高沸点棕涧酸乙醋、油酸乙醋、亚油酸乙醋和己酸乙酷等13种物质的混合物。前3种乙醋都为无色的油状物，沸点在185.5℃以上，压力 1.33千帕，油酸乙醋及亚油酸乙醋为不饱和脂肪酸乙醋，性质不稳定，其在酒精中的溶解度和酒精浓度与温度有密切的关系。当酒精体积分数超过30%时，其溶解度急剧增大。当温度上升时，溶解度也提高。同时金门高粱酒中亚油酸乙醋等之所以含量这样大而澄清透明是由于高酒度的条件所致。当金门高粱酒中的亚油酸乙醋等脂肪酸乙醋在酒精体积分数稀释到40%以下时，由于其溶解度降低，出现了白色絮状胶体沉淀物。采用过滤法去除时，降低品温及过滤温度是必要的。