按制曲原料来分主要有小麦和稻米。故分别称为麦曲和米曲。用稻米制的曲，种类也很多，如用米粉制成的小曲，用蒸熟的米饭制成的红曲或乌衣红曲，米曲（米曲霉）。
按原料是否熟化处理可分为生麦曲和熟麦曲。
按曲中的添加物来分，又有很多种类，如加入的称为药曲，加入豆类原料的称为豆曲（碗豆，绿豆等）。
按曲的形体可分为大曲（草包曲，砖曲，挂曲）和小曲（饼曲），散曲。
按酒曲中微生物的来源，分为传统酒曲（微生物的天然接种）和纯种酒曲（如米曲霉接种的米曲，根霉菌接种的根霉曲，黑曲霉接种的酒曲）。
4分类现代大致将酒曲分为五大类，分别用于不同的酒。它们是：
麦曲，主要用于黄酒的酿造；
小曲，主要用于黄酒和小曲白酒的酿造；
红曲，主要用于红曲酒的酿造（红曲酒是黄酒的一个品种）；
大曲，用于蒸馏酒的酿造。
麸曲，这是现代才发展起来的，用纯种霉菌接种以麸皮为原料的培养物。可用于代替部分大曲或小曲。迄今麸曲法白酒是白酒生产的主要操作法之一。其白酒产量占总产量的70%以上。
酒曲的分类
类别品种
大曲 传统大曲；强化大曲（半纯种）；纯种大曲。
小曲 按接种法分传统小曲和纯种小曲
按用途分为黄酒小曲，白酒小曲，甜酒药；
按原料，分为麸皮小曲，米粉曲，液体曲。
红曲 主要分为乌衣红曲和红曲，红曲又分为传统红曲和纯种红曲
麦曲 传统麦曲（草包曲，砖曲，挂曲，爆曲）
纯种麦曲（通风曲，地面曲，盒子曲）
麸曲 地面曲，盒子曲，帘子曲，通风曲，液体曲。