指纹图谱是一种综合的评价方法，它建立在研究样本复杂成分体系的基础上，具有采样精度高，特征明显、专属性强、重现性好的特点，且操作方便、快速且识别能力强。指纹图谱强调的是同一物种群体内的整体相似性，而非个体的专一性。 白酒的多香型、多产地特性决定了同种香型、相同产地的白酒所具有的整体相似性，决定了指纹图谱应用在白酒研究上的适用性和广泛性。
在白酒指纹图谱的应用中，依靠指纹图谱评价白酒质量时，必然遇到指纹图谱的判别和识别的问题，所以有必要以化学计量学、数据挖掘技术等方法为基础，建立起白酒指纹图谱计算机模式识别系统，评价指纹图谱的相关性，进而判别白酒的质量。模式识别是根据白酒所含化学成分用数学手段对其进行分类或描述，其中回归分析、聚类分析、判别分析、相关分析、主成分分析等多元统计方法及用于非线性体系的人工神经网络技术等在白酒质量控制中得到很好的应用。
在酱香型白酒指纹图谱研究中，研究团队曾用气相色谱-质谱联用技术对10批酒样进行指纹图谱测定，建立了贵州茅台酒的共有指纹图谱。 目前，指纹图谱研究较多，但真能够正成为国际认可的质量控制标准，尚有些问题需要解决，相关研究人员认为今后白酒指纹图谱的研究可能集中在以下几个方面。
一是如何获得良好的白酒指纹图谱。关键之一是选择性能优良的气相色谱仪，高分离效能的色谱柱，使其满足白酒香气分析要求。了解各种操作条件对色谱峰位、峰宽的影响，有针对性地选择合适的毛细管柱、载气及其流速、温度和进样量等实验条件，实现快速的有效分离。
二是如何更好地对指纹图谱进行分析。首先需要采用联用技术，如GC-MS、GC-IR 等方法对图谱中反映出来的白酒香味成分，进行有效的分离和结构鉴定。需要对现有的图谱识别方法、相似度计算方法以及图谱的计算机辅助分析方法等不断地进行改进优化，使图谱分析更加规范化、科学化。
三是如何把指纹图谱的信息与白酒的人工感官品评结合起来。白酒作为一种食品，只有同人的感官评价相结合，才能更完善地了解不同种类白酒的香味特征。