酱香型白酒的入窖发酵是粮醅(糟醅)在完成堆积发酵之后，开窖取醅之前的一项重要的生产工艺流程。入窖发酵过程中，窖内母糟在曲药和窖池微生物等相互作用下，静悄悄的发酵生香。在生产实践中，对入窖发酵控制管理片面认识以及没有科学的可控措施，有可能会导致出酒率低及不合格品增多。该过程的把控和管理也决定着酱香型白酒风味特征及产质量优劣，因此对入窖发酵的管控应引起足够的重视。
工序控制要求
《仁怀大曲酱香酒生产技术规范》(TB52/RHJX 002-2015)中入窖发酵工序要求：
(1)窖底用曲110kg~120kg;
(2)窖池封闭完整(封窖泥不开边、不裂口)，窖池管理人员每天检查封窖泥状况，严防开边裂口的现象发生。
(3)窖面用曲55kg~60kg;
(4)窖内发酵时间≥30天;
(5)窖底面醅的制作由酒师监督指导;
入窖操作及管理
制作窖底醅
将剩余的窖底醅(约半甑)切细加入同等量堆积发酵好的粮醅，利用110kg~120kg曲药和一定量的尾酒、窖底水，与其翻拌均匀，放入窖内拍平踩紧，撒上谷壳与其它酒醅的隔离。
窖坑预处理
粮醅(糟醅)下窖前，用95℃以上的热水进行泼窖，泼完窖后用酒尾喷洒于窖底和窖壁四周，将堆积发酵好的酒醅从堆子的一边开始采取刀切式的方法将粮醅送入窖内。下窖时，要边入醅边洒尾酒，尾酒用量由酒师根据标准状况均匀掌握。入窖过程中，要注意将粮醅中的废气排出，不准用抱斗直接将粮醅下入窖内，同时要控制好粮醅酸度和水分。
窖内酒醅处理
入窖时，留下约半甑发酵好的酒醅，加入55kg~60kg曲药和一定量的尾酒拌和均匀后，均匀覆盖在已摊平的窖内醅的表面上。然后撒上一层谷壳(用量以能与封窖泥隔离为准)。入窖后的窖内醅呈四周低、中间高的形状，且处不得超出窖粱50cm。
封窖处理方法
气温低时，可待窖内表层下10cm处醅温升至手能感触时再封窖;如醅温实在不能升上来，那在入窖后第二天或第三天必须封窖。其方法为：用上年老泥(50%)和符合标准的新泥(50%)混合浸泡(以不流水为宜)松软、踩细，然后运至窖边，均匀覆盖在粮醅上面拍平、拖光滑。封窖泥拍平后厚度要求≥5cm。
封窖面管理
当封窖泥表层干硬后，用重复清蒸谷壳或不含塑化剂的塑料薄膜覆盖在封窖泥表面。当重复清蒸谷壳下出现水珠时，防止“倒汗”，造成窖泥发稀，应及时将重复清蒸谷壳揭开，让多余水分挥发;当窖泥因粮醅下沉而出现开边时，将边口杵平封好;当窖泥出现现裂口时，洒上一定量的尾酒使封窖泥软化后将裂口封闭。
封窖泥及封窖辅料管理
1. 开窖前2~3天可将重复清蒸谷壳揭开(将谷壳放在干净干燥地方以便下次清蒸)，让封窖泥硬化，利于粮醅与封窖泥分离。
2. 所有废弃的封窖泥和重复清蒸谷壳都须分类堆放，由环保部门统一处理，以免污染环境。
3. 若原窖泥发臭不能继续使用，根据封窖泥的密封性能适当更换新泥。每轮次封窖结束后，应将窖泥池内余水排尽，防止发臭。封窖完毕打扫现场清洁卫生。