药酒含有乙醇，不易变质，但如果贮存与保管不当，也会变质或污染，轻则影响疗效，重则不能饮用。因此，应掌握以下贮存和保管药酒的基本知识。
(1)用来配制或盛装药酒的容器要清洗干净，用开水煮沸，或用75%的乙醇，并晾干、烤干，以免混人水液，感染。
(2)药酒配好后，应及时装人有盖且成分稳定的容器里，是细口、长颈的玻璃瓶内，并将容器口密封好，避免其与外界空气接触而变质。药酒不能存放在金属容器内，时间长了容易发生化学变化，导致药酒变质。
(3)家庭自制的药酒，要贴上标签，并写明药酒的名称、主要功效、配制时间、用法、有效日期等内容，外用药酒还应该贴上醒目的标签，以免时间久了混淆，造成不必要的麻烦，或者导致误用而引起不良反应。一般而言，用酒精浓度低于20度的黄酒、糯米酒等浸泡对的药酒，保质期不超过一个月，用50 度以上的白酒配制药酒，保质期可达2-3 年。
(4）药酒宜贮存在环境清洁、空气清新、温度变化不大的地方，存贮温度为10度-25度，并且不能与有机溶剂(香蕉水、甲醛）汽油、煤油、化妆品、沐浴露等气味浓烈、刺激性大的物品放在一处，以免串味或受到污染。同时，要注意防火，不要与蜡烛、油灯等明人放在一处。
(5)夏季贮存药酒时要避免阳光直接照射。因为强烈的光照可破坏药酒中有效成分的稳定性，降低药酒的功效。冬季贮存药酒时要注意贮存温度不应低于一5度，特别是用黄酒或米酒配制的药酒，要避免受冻变质。
(6)使用药酒时，盛出一些后应注意密封，每次多盛一些，以减少开启次数，尽量避免药酒与空气接触，导致功效降低或变质。