乳酸菌在黄酒发酵中除产生乳酸外，还能生成多种微量有机酸。以乳酸为底物，还可以生成丙酸、丁酸等其它有机酸。而以上这些有机酸（包括乳酸）通过酯化反应生成相应的乙型酯，是黄酒的重要香味来源。黄酒中有机酸主要以乳酸为主，在绍兴加饭酒中乳酸含量较高为4642.8mg/l，较低为2952.4mg/l，占绍兴加饭酒4种有机酸含量为40%—60%。在以前文献报道中柠檬酸的含量一般并不高，但是在新的研究中，含量为1306.3mg/l—3709.9mg/l，占酒样中总酸的20.14%—46.96%。
乳酸在黄酒中产生途径主要是米饭搭窝培养制淋饭酒母时，酒药、毛霉作用生成乳酸为主和其他琥珀酸、反丁烯二酸，其余在清浆水和黄酒酒醪中由于乳酸杆菌、链球菌的作用生成乳酸等有机酸。