科技创新是企业发展的原动力和核心竞争力。在激烈的市场竞争中，企业要想得到生存发展，的选择就是要持续不断地推进科技创新。
2009年9月25日，河套酒业集团检测实验中心获得了内蒙古自治区质量技术监督局颁发了自治区级《资质认证计量认证证书》。通过自治区级计量资质认定，标志着河套酒业集团检测实验中心的计量管理工作达到了一个新的水平，在科学化、精细化、标准化方面迈出了坚实的一步，使河套酒业集团获得了一张商品检测市场的“准入证”，可为社会提供具有法律效力的公证数据，从而提高了河套酒业集团的影响力。
多年来，河套酒业集团不断进行技术创新和科研攻关。企业拥有的自治区级技术中心，设立了基础研究室、样品室、工艺研究室、仪器室和微生物研究室等独立实验室，用于企业的产品研发。中心配备了国内行业处于水平的惠普6890、4890气相色谱仪、美国ICS-2500离子色谱仪、UV100紫外可见分光光度计等先进、完善的分析检测仪器设备，把河套酒系列产品生产纳入了全过程控制与监测，包括原料采购、原酒分析、储存、半成品勾调、新产品开发以及成品酒出厂把关等等，极大提升了企业对酒中微量成分的检测和控制需要，使产品质量与卫生指标稳定提高。该中心有白酒评委4人，自治区级白酒评委10人，同时有各类技术人员400多人。使得公司在白酒的研制开发、品评、理化分析等方面具备了很强的实力，逐步形成了一个涉及每一个生产过程的科研技术网络，成为内蒙古自治区酿酒行业一家科技先导型企业。
加大技术改造和科研开发投入，保持企业可持续快速发展。2009年，河套酒业集团制定了“三年发展战略规划”，计划三年内投资10亿元，其中投资5亿元用于进行技术改造和科技研发。2009年企业新建了5000吨/年浓香型白酒技改基地、5000吨/年清香型白酒生产基地、原粮仓储和粉碎车间工程等，为提升企业科研技改和整体装备水平奠定了坚实的基础。
河套酒业集团依靠科技创新，改进河套酿酒生产工艺，深入研究河套地区的气候土壤环境，运用现代微生物技术、气相色谱分析等先进技术手段，对酿酒过程中的制曲、人工窖泥培养等方面进行了大量的研究，解决了一些长期难以解决的酿酒技术性难题，尤其是在酿酒工艺过程中，采用长期储存，中、高温曲，引入河套地下优质矿泉水，运用传统的固态发酵工艺，采取分层蒸馏、分段摘酒、分级贮存，对原酒进行长时间的陶瓷坛储存，利用原酒在贮存过程中发生的物理和化学反应，改善原酒的感官风味，促进原酒品质的提高。储存期满后，采用上先进的色谱仪、光谱仪等检测设备对原酒进行理化指标分析，品酒员再进行感官品评分析，根据不同产品在质量和风格上的要求进行勾兑组合，使计算机储存勾兑专家系统和人工品评相结合，从而形成了以五种粮食投料、中高温大曲、优质泥窖发酵、不锈钢锅蒸粮馏酒、量质摘酒、分级储存、微机勾兑专家系统一整套科学、合理、规范的河套白酒生产工艺，实现了河套原酒产量质量的提升，研发出了浓香型、清香型、营养保健型三大河套系列酒，确立了河套系列酒“窖香幽雅、绵甜醇厚、协调甘爽、味净香长”的北方淡雅浓香型酒典型代表的独特风格。
河套酒业集团还与区内外的大专院校、科研院所建立了长期的“产学研”技术合作伙伴关系，进行白酒技术的研发与合作。公司常年聘请我国白酒界专家沈怡方、曾祖训、高月明、金佩章、庄名扬等人来公司从事酿酒技术指导和咨询活动，为河套酒品牌持续成长提供了重要的技术支撑。
科技创新，提高了企业的核心竞争力，为河套酒业集团带来了丰硕科研成果：多年来，企业获国家科技进步奖1项，省部级科技进步奖5项，地市级科技进步奖6项，发明专利1项，实用新型专利19项，河套酒品牌的度和美誉度迅速提升，市场占有率不断扩大，取得了显著的经济效益和社会效益。