保健酒与药酒相比，虽然两者都是在酿造过程中加入了药材，但它们之间的区别是十分明显的。所属范畴不同：保健酒属于“饮料酒”范畴，药酒属于“药”的范畴; 功能作用不同：保健酒主要用于调节生理机能，以保健、养生、健体为目的，满足消费者的嗜好。
药酒主要用于治病，有其特定的医疗作用; 生产管理部门不同：保健酒由食品生产企业生产，由食品部门主管，产品质量不合格可以调整或回收。药酒由药厂生产，由药品管理部门主管，产品质量不合格只能报废; 配方和质量依据不同：药酒的配方要经过严格的审批，要求有内在的以有效成份为指标的质量标准。
保健酒配方一般不需要审批，很少规定检测其内在功效成份，但第三代保健酒要求有明确的功能因子; 适用人群和对象不同：保健酒对年龄和性别没有特别严格的限制，主要使用对象是健康或亚健康人群。药酒有针对性较强的适用人群，使用对象是疾病患者，需要在医生的处方或在人士的指导下服用; 销售场所不同：保健酒主要在酒店、商场、超市等一般商品销售场所销售。药酒主要在药店或医疗场所销售。 一言以蔽之，健康的或亚健康的人喝保健酒，用于保健养生;患病的人喝药酒，用于治病。