现今大部分市面上的葡萄酒制成品都晶莹剔透，不过部分推出一段时间的葡萄酒或存在不少沉淀物，这些沉淀物多数是不同类型的蛋白质或酒石酸晶体。各位勿需担心，酒液中的这些物质对人体其实并无伤害，因为酒中丹宁和酒精不会让有害生物在酒液中有生存空间。
葡萄酒酿制过程中，其中一个重点是要进行澄清。葡萄汁液完成发酵后，虽然葡萄酒已经制成，但酒液中仍然含有大量葡萄皮、酵母体、胶质葡萄子等物质的沉淀物，酒液浑浊，气味刺鼻，多喝更会引起肠胃不适。这些物质终会因时间而沉淀到缸底，但是酒厂为了缩短时间，或会在发酵后时间开始不同方式和程度澄清酒液。澄清方式包括虹吸法(Siphon)、过缸法(Racking)、过滤法(Filtration)、净化法(Fining)、离心法(Centrifugation)、浮起法(Flotation)等。个别酒厂明白，过分处理葡萄酒或会引来反效果，其中一个问题就是葡萄酒的原有果味可能因此而被隔走，质素有所下降，故此酒厂必须小心进行有限度的澄清过程。以上所述的澄清法均在各新旧世界酒区被广泛使用，其中的净化法更是深受酿酒师欢迎。
红白酒的澄清过程有区分，在普遍情况下，红酒会在发酵后才进行澄清，否则会影响丹宁、味道和颜色的萃取度;而收取白葡萄后，汁液发酵前，葡萄会除皮去核，故两者工序有异。白酒中，或有个别例外情况如莎当妮(Chardonnay)，有些酿酒师喜欢保留葡萄皮以增加制酒个性风味，便不会除皮。处理以香气清新为主的品种，酒厂会采用冷冻法，加入适量的二氧化硫，存酒于不锈钢酒缸内二十四小时即可。另有酿酒师会在酒液中加入酶或净化物质如膨润土(Bentonite)，分解胶质，除去过多丹宁，保持酒液整体结构平衡，澄清酒液，酿酒师随后过滤掉会酒液中在净化后的微小固体粒。
红白酒均要进行过澄清，酒液才会晶莹剔透。
蛋白是其中一项古老的净化物质，亦能有效除去劣质丹宁酸，现时仍常见于各大酒厂作净化优质红酒用。古人会直接把鸡蛋打进碗内，拿掉蛋黄，剩下的蛋白，加入少许的葡萄酒，拌匀后倒入装满酒的酒桶内。有人会担心鸡蛋内的沙门氏菌会危害健康(但事实上酒内的酒精和酸性环境会杜绝沙门氏菌)，故此时至今日，酒厂会购买经厂房提炼过的蛋白素粉，也更方便使用。
在1987年以前，欧洲还是准许酒厂使用动物血液作净化，他们将之统称为“公牛血”。由于操作简单，酒厂长久以来都经常直接把动物血液倒进酒液中搅动，血液里的蛋白素会迅速酒中会形成沉淀物的胶质。动物血被禁后，酒厂转为利用经过动物血提炼而成的蛋白素净化葡萄酒，不过后来因为疯牛症的关系，各地酒厂已经在1997年停止使用。