在白酒生产中，必然会产生一些有害杂质，有些是原料带入的，有些是在发酵过程中产生的，对于这些有害物质，必须采取措施，降低它们在白酒中的含量。
(一)杂醇油
杂醇油是酒的芳香成分之一，但含量过高，对人们有毒害作用，它的中毒和麻醉作用比乙醇强，能使神经系统充血，使人，其毒性随分子量增大而加剧。杂醇油在体内的氧化速度比乙醇慢，在机体内停留时间较长。 杂醇油的主要成分是异戊醇、戊醇、异丁醇、丙醇等，其中以异丁醇、异戊醇的毒性较大。原料中蛋白质含量多时，酒中杂醇油的含量也高。杂醇油的沸点一般高于乙醇(乙醇沸点为78℃，丙醇为97℃，异戊醇为13l℃)，在白酒蒸馏时，应掌握温度，进行掐头去尾，减少成品酒的杂醇油含量。
(二)醛类
酒中醛类是分子大小相应的醇的氧化物，也是白酒发酵过程中产生的。低沸点的醛类有甲醛、乙醛等，高沸点的醛类有糠醛、丁醛、戊醛、己醛等。醛类的毒性大于醇类，其中毒性较大的是甲醛，毒性比甲醇大30倍左右，是一种原生质毒物，能使蛋白质凝固，10克甲醛可使人致死。 糠醛对机体也有毒害，使用谷皮、玉米芯、秸秆及麸糠做辅料时，蒸馏出的白酒中糠醛及其它醛类含量皆较高。
白酒生产中为了降低醛类含量，应少用谷糠、稻壳，或对辅料预先进行清蒸处理。在蒸酒时，严格控制流酒温度，进行掐头去尾，以降低酒中总醛的含量。 尽量不用秸秆作为辅料使用。
(三)甲醇
果胶质多的原料来酿制白酒，酒中会含有多量的甲醇，甲醇对人体的毒性作用较大，4—10克即可引起严重中毒。尤其是甲醇的氧化物甲酸和甲醛，毒性更大于甲醇，甲酸的毒性比甲醇大6倍，而甲醛的毒性比甲醇大30倍。白酒饮用过多，甲醇在体内有积蓄作用，不易排出体外，它在体内的代谢产物是甲酸和甲醛，所以极少量的甲醇也能引起慢性中毒。发生急性中毒时，会出现、恶心、胃部疼痛、视力模糊等症状，继续发展可出现呼吸困难，呼吸中枢麻痹，昏迷甚至死亡。慢性中毒主要表现为粘膜刺激症状、眩晕、昏睡、、消化障碍、视力模糊和耳鸣等，以致双目失明。 甲醇产生的数量与制酒原料有密切关系，为了降低白酒的甲醇含量，可采取以下措施：
(1)选择原料 过熟的或腐败的水果、薯类以及野生植物(如橡子)，果胶质含量较高，用这些原料来酿酒，甲醇含量会高。应选择含果胶质少的原料来酿酒，以便降低甲醇的含量。
(2)使用黑曲作糖化剂时，由于黑曲霉所含果胶酶较多，因此成品酒的甲醇含量也高。若使用黄曲作糖化剂，由于它所含果胶酶少，因而成品酒的甲醇含量也低。