有两种微生物可能与鼠臭味有关：1.德克酵母(Dekkera)菌株/酒香酵母（Brettan¬omyces）；2.某种乳酸菌。这些乳酸菌除产生鼠臭味外，还能对葡萄酒产生其它有利、有害的影响。众所周知，酒香酵母一直被看成是葡萄酒的有害菌，通过空气传播，而乳酸菌则有利于苹果酸－乳酸发酵（MLF)。
1.德克酵母菌株/酒香酵母：对于葡萄酒中德克酵母的起源一直存在不同意见，作者讨论了三种可能的渠道，一是来自葡萄本身；二是来自昆虫，主要是果蝇；三是制桶工场。
多数人认为，德克酵母菌不会通过葡萄自身带到酒厂，因为这些酵母菌需要复杂的营养条件才能存活，包括维生素，而清洁干净的浆果不可能给德克酵母菌提供存活条件。
还有人认为，昆虫（一般指果蝇）是德克酵母菌的传播载体，因为昆虫以部分德克酵母菌为食，这些菌株可能沾到果蝇的腿部、翅膀上。
第三种可能性是橡木桶制造工场，橡木上的毛孔为酵母菌提供了舒适的生存环境。此外，烧焦的橡木上带有纤维二糖，这种物质为酵母菌提供了碳。而且新制桶工场所含纤维二糖高于旧桶场，因此更易受污染。
2.葡萄及葡萄叶上的乳酸菌进入酒厂。能够进行苹果酸－乳酸发酵的乳酸菌包括乳球菌（Oenococcus）、乳杆菌（Lactobacillus）、明串珠菌（Leuconostoc）和片球菌（Pediococcus）等属的，而Lactobacillushilgardii酵母菌较易产生鼠臭味，明串珠菌与片球菌属也会产生鼠臭味。酿酒师需特别注意的是，某些乳球菌也能在葡萄汁中产生鼠臭味，这通常是在厌氧条件下葡萄糖、果糖代谢过程产生的。
3.醋酸菌有时也能产生鼠臭味，较重要的是破损的葡萄感染了醋酸菌或其它，可以刺激葡萄酒中乳酸菌的繁殖，较终产生鼠臭味。