近年来虽然保健酒越来越受到人们的欢迎，但是我国保健酒行业的发展却并不是很乐观。纵观整个保健酒行业的发展，保健酒陷入了5大尴尬境地。
1：功能扎堆同质化。缘于《保健食品检验与评价技术规范》，现受理申报的保健功能仅有27种，又因保健酒不能用非酒以外的多种食品做载体等原因，因此功能就多扎堆在市场份额较大的、缓解疲劳功能上。
2：对口的人才难寻。因保健酒开发所涉及的中医药、发酵、食品、西医药等，都是现学科设置互不相干的学科，导致对口的工程技术人员匮乏、难寻。
3：保健酒选方难。保健食品方的构成机理类同中成药，是针对群体的共同病症，因此每一功能较终只能优选出一个好方。此外，要将各种保健功能，按适用人群的大小顺序排列，如此一来，功能较好、市场份额较大的好方，也就只有一个。另外保健酒组方也受到多种因素的限制，不能急于求成，而且没有外国经验借鉴和筛选难也成为保健酒行业难发展的一个原因。
4：鱼龙混杂难避免。保健酒只能作为保健功效，并不能用于治病。而且一些药草所含的多糖并不能溶于酒精，这也就导致了药效缩水，还有一些保健酒功效只是有名无实。此外保健酒行业滥竽充数的现象也很多，比如说用中药仿果酒发酵制成的保健酒并不具有原中药的功能，也不能称之为保健酒。还有用果蔬或药食两用中药做原料；单用药食两用中药做原料和酒精度高于38度的都不能称为保健酒。
5：GMP无能为力。一方面是因为GMP，仅仅是提高质量管理水平的作业规范，纵然是实施，也不能为保健酒用中药做原料，撇开国家标准和规范改用中药药理阐释、评价保健功能。另一方面也因为中药不像单体成分的西药，因含有很多种并且尚不能完全明了的化学成分，以及中药用现代的性毒理学评价，并不能确保用药，就使GMP在确保中药药效和性方面没有约束力。
现在我国的保健酒生产大多为强调功效，几乎都倾向用中药做原料、仿照自泡或医用药酒选工艺，事实上保健酒要想实现突破，只有筛选出适于现行评价标准的和生产工艺，把保健酒的灵魂“保健”落到实处，才能才能保持市场份额不断扩大。