现在市场上的保健酒品牌越来越多，各保健酒的功效也大致相同。由于人们对于保健酒的不熟悉，所以存在着很多的误区。比如很多人将保健酒等同于药酒，其实这是不准确的。总体来说，人们对于保健酒大致有3大误区。
前列：认为保健酒生产原料是中药。人们人们对于保健酒功效的迷惑，所以很容易认为保健酒的生产原料就是由中药酿造而成。事实上，这是因为很多的保健食品的功能成分原料，类同西药，尤其是补充营养素类保健食品的原料，诸如维生素B1、B2、K、D、E等维生素类以及硫酸镁等矿物质化合物，原本就是大众较熟悉的西药。另外，保健食品的保健功能评价，也是仿照西药。如“调节血脂、、调节血糖”等名称都是按照西医病症的概念来描述。此外，保健酒用中药做原料，也不能确保对症又对路。很多的保健酒功效只是中药中部分成分显示出的、用西医理念阐释、描述的保健功能，并不能得出的、切合实际的评价结果。
第二：生产工艺同药酒。依据国家标准GB16740《保健（功能）食品通用标准》6.2条：“保健（功能）食品应具有类属食品应有的基本形态、色泽、气味、滋味、质地”，由于GB/T17204《饮料酒分类》国家标准，将饮料酒分成白酒类、黄酒类等多种类型，保健酒就应以所用基酒的类属而细分，“外观和感官特性”，就不能仿照不强调色、香、味的自泡或医用药酒。事实上，人们几乎都把保健酒的生产工艺误认成同药酒，纵然是用白酒做载体，戴上“蓝帽子”的也都做成药酒色，甚至有的还会有沉淀。
第三：缺行业标准规范。很多人认为保健酒有国家标准，但实际上我国与保健酒相关的标准并不少。不但有国家标准GB16740《保健（功能）食品通用标准》，而且在卫生部《关于保健食品管理中若干问题的通知》中，还有“以酒为载体生产保健食品的规定”；在《氨其酸鳌合物等保健食品申报与审评规定》第八条中，还专门规定“产品酒精度不超过38度”。